VRI-prosjekt som snudde på hælen

Det er svært vanskelig å finne virus i vann. På en 5 centimeter lang strek er det plass til en million virus, usynlig for det blotte øye og for de fleste mikroskop. - Klikk for stort bilde

Gjennomtenkt problemstilling og god planlegging til tross, noen ganger må et prosjekt snu på hælen. Det skjedde da analyselaboratoriet Labora skulle sekvensere genomet til et virus (Pox) som gir alvorlig gjellesykdom hos laks. 

Da det opprinnelige prosjektet uventet ble gjennomført av noen andre, kontaktet Labora VRI og fikk endre problemstilling til noe som er like relevant for næringen. Det er Åse Emblem godt fornøyd med. - Klikk for stort bilde

- Ja tenk, rett etter at vi hadde fått bevilgningen fra VRI og skulle sette i gang, kom Veterinærinstituttet og publiserte at de hadde kartlagt gensekvensene vi skulle granske. Prosjektet vårt var med ett overflødig, forteller Åse Emblem, fagleder i molekylær biologi hos Labora i Bodø.

 

Labbe rundt

Da gjorde Labora som laboranten da den møtte labyrinten, labbet rundt den. I stedet for å legge prosjektet dødt, kom de opp med en annen problemstilling. Den er knyttet til samme næring og er i samme gate – sykdomsbekjempelse hos fisk. Nå ville Labora bruke midlene til å finne bedre metoder for å detektere virus i vann. Fiskehelselaboratoriet har fra flere hold registrert behov for det. Det kan være sjøvann, ferskvann som brukes i smoltproduksjon, eller vann som kommer ut fra et landbasert oppdrettsanlegg.

- Det er en like viktig problemstilling som den vi opprinnelig fikk midler for. Vi kontaktet VRI i Nordland og presenterte vårt ønske om bokstavelig talt å "vri" prosjektet. Det gikk veldig greit, og nå er vi i gang, forteller Åse Emblem.

 

Nåla i høystakken

Det høres kanskje greit ut å finne virus i vann, men problemet er at de er bitte, bitte små. I sammenligning er bakterier enormt store. Et typisk virus er 50 nanometer stort.

- Vi kan ikke se virus i mikroskopene vi har til rådighet her, og med relativt lave konsentrasjoner må vi oppkonsentrerer virus for å detektere dem. Det finnes flere publiserte metoder for oppkonsentrering, men både resultatene og kostnadene er sprikende, så vi ønsker å gjøre våre egne undersøkelser, forteller Åse Emblem.

Labora holder kortene tett til brystet når det gjelder denne forskningen, for en god metode for å detektere virus i vann kan ha kommersiell verdi.

Faktaboks

Prosjekttittel

PCR metode for Pox virus

Prosjektmål bedriftsprosjekt

Sekvenserer genomenet til Piscine Pox virus ved hjelp av Next Gen Seq Illumina, karakteriserer områder i spesifikke området i genomet til viruset, utvikle assay for real-time RT PCR deteksjon på gjellevev.

Prosjekteier

Labora

FoU-miljø

Universitetet i Bergen
 

VRI-bevilgning

39.000 

Egenfinansiering

73.000

Periode

Oktober 2015 - september 2016

 

 

Tekst, foto/illustrasjon: Erik Veigård/Videofabrikken

Fant du det du lette etter?